A caballo entre los dos reinados, se llevaron a cabo unas excepcionales emisiones de moneda durante la Guerra de las Germanias. En las ciudades de Denia y Segorbe, ambas en manos de los realistas, ante la necesidad de pagar los refuerzos aportados por nobles castellanos y la ausencia de moneda, se acuñaron reales y dobles reales, los cuales llevan en el reverso las iniciales de las ciudades donde fueron emitidas, una D para Denia y las letras SO para Segorbe, junto a una S, inicial del maestro de la ceca y tesorero general Alfonso Sánchez.
Durante el reinado de Carlos I, en 1544, aparecerá un nuevo valor y tipo de la moneda de oro, la corona, acuñándose también dobles y cuádruples coronas. Durante este largo reinado, la calidad artística y técnica de las acuñaciones irá menguando despacio, produciéndose una drástica caída durante el reinado de Felipe I de Valencia, la cual será ya una clara predecesora de lo que acontecerá hasta el fin de la moneda valenciana. El diseño de estas monedas presenta en el anverso la cruz de Jerusalén rodeada por cuatro semicírculos y al dorso las armas de Valencia en losange.
Durante los reinados siguientes encontraremos la aparición sistemática de la fecha de acuñación en las monedas y la desaparición de las marcas correspondientes a maestros de ceca y tesoreros generales. Las acuñaciones se llevan a cabo en grandes cantidades, pero el real, a pesar de conservar su valor de díhuit diners, irá menguando en su peso hasta perder prácticamente más de la mitad de plata desde su creación. En cuanto al billó, el diner, era una moneda pequeña y poco vistosa, para usos cotidianos, que, poco a poco, fue perdiendo contenido de plata. La acuñación en oro será esporádica y se podría calificar casi de anecdótica, acuñándose escudos y medios escudos. El arte de los grabadores de la seca se convierte en un triste reflejo de lo que fue la moneda valenciana, con retratos reales muy descuidados y sencillos, siendo también el acabado de las piezas muy deficiente, con cospeles irregulares y mal acuñados. Durante el reinado de Carlos II, en 1682, se produjo en Valencia el primer intento de acuñación mecanizada con una prensa de molinillo, que no tuvo continuidad al no obtener el resultado esperado.
